Do literatúry vstúpil básnickou zbierkou Blížence (1944). Básne sú protestom proti vojnovému besneniu. Rovnaké hodnoty zdôrazňuje aj v druhej básnickej zbierke V mimózach vietor (1947). Po dvoch knihách básní sa pokúsil o prozaické stvárnenie prežitej skúsenosti v zbierke noviel Z ohňa a krvi (1948). Potom sa na celé štvrťstoročie odmlčal. Až roku 1970 vydal tretiu básnickú zbierku Zobúdzanie popola, ktorá je vyjadrením básnikových obáv z možnosti vzniku novej vojnovej kataklizmy, ale aj vyslovením viery v mravné hodnoty človeka. Prežitú skúsenosť predchádzajúcich desaťročí zrekapituloval v zbierke Fialové žalmy (1992). Za zbierku Havrania zima (1996) mu udelili cenu Spolku slovenských spisovateľov za rok 1996. Najnovšou knihou Jána Motulku je zbierka veršov z rokov 1948-1949 s názvom Čas Herodes (1998).