V Owenově životě neběží nic správně už od chvíle, co jeho otec zemřel ve vězení, obviněný ze zločinu, o němž si je Owen jist, že ho nespáchal. Monroe, školní ajťák, mu však nabídne způsob, jak by mohl otcovo jméno očistit, a to když ho nechá použít Animus zařízení, které uživatelům umožňuje prozkoumávat genetické vzpomínky pohřbené v jejich vlastní DNA. Ta zkušenost ale přinese Owenovi víc, než předpokládal. Během simulace totiž odhalí existenci starověké a mocné relikvie, která byla dlouho považována za legendu Trojzubce ráje. Tajné organizace se nyní nezastaví před ničím, aby artefakt získaly a to jak bratrstvo asasínů, tak templářský řád. Brzy začne být zřejmé, že se Owen může zachránit pouze tak, že najde Trojzubec jako první.
Pod Monroeovým vedením vstoupí Owen a několik dalších mladých lidí do vzpomínky, kterou spolu sdílejí prostřednictvím své DNA, ocitnou se tak uprostřed Odvodových nepokojů v New Yorku v roce 1863. Owena a jeho společníky tak čekají těžké zkoušky v nebezpečných ulicích New Yorku a jejich minulé zkušenosti budou mít navíc dalekosáhlé důsledky pro přítomnost.