Román Chrám svatého Izáka zastihuje dva muže — otce a syna — na cestě k vzájemnému pochopení, která trvá již bezmála čtyřicet let.
Ovdovělý muž prodělá mozkovou příhodu a v nemocnici se jen obtížně zotavuje — mysl se mu vrací zmateně, s bolestnými vzpomínkami, a blízkost smrti v něm probouzí touhu sblížit se se synem, s nímž se v den manželčina pohřbu definitivně rozešel kvůli názorům na Boha a víru. Syn pracuje jako zlatič na kupoli chrámu svatého Izáka v Petrohradu, kde vrcholí přípravy na velkolepé oslavy tří set let od založení města. A právě do Putinovy říše se otec vydá, aby se ještě jednou jako zapřisáhlý ateista pokusil přesvědčit syna o své pravdě: „Bůh neexistuje. Všechno končí smrtí, po ní už nic nepřijde.“
Podaří se osamělému otci zorientovat ve třech velkých neznámých — víře, stáří a Rusku —, aby dokázal znovu nalézt cestu ke svému synovi, byť je dlouhá a spletitá, stejně jako stavba chrámu svatého Izáka?