Od útoku na rakeťáckou základnu ve společnosti Silph uplynuly dva roky. Red dostává dopis s výzvou od člena Elitní čtyřky, Bruna. Krátce poté, co se za ním vydá, však beze stopy zmizí a domů se vrací jen zraněný Pika. Na scénu přichází tajemný chlapec Yellow, odhodlaný Reda s Pikovou pomocí najít, jenže na obzoru se začíná rýsovat nová silná hrozba