Diskriminácia v pracovnoprávnych vzťahoch je neželateľným javom, s ktorým sa spájajú viaceré negatívne dôsledky. V prvom rade sa zamestnancovi odníma možnosť plnohodnotne uplatňovať svoje ľudské práva, predovšetkým právo na prácu. Diskriminácia preto podkopáva dôstojnosť a hodnotu ľudskej bytosti a v rozpore s princípom rovnosti vytvára skupiny osôb druhej kategórie.
Popri nepriaznivých účinkoch na zamestnanca má diskriminácia aj ďalšie menej priame dôsledky. V spoločnosti, ktorá toleruje nerovnaké zaobchádzanie v pracovnoprávnych vzťahoch, je ohrozené riadne fungovanie trhu práce. Neriešená diskriminácia môže v konečnom dôsledku predstavovať nárast výdavkov štátu na sociálne začlenenie a pomoc pre diskrimináciou dotknuté osoby a ohrozenie zdravého vývoja hospodárstva a jeho konkurencieschopnosti.